Conforme a Instrução Normativa da CGU nº 07, de 29 de dezembro de 2006, o planejamento das atividades de auditoria interna das entidades da administração indireta do Poder Executivo Federal será consignado no Plano Anual de Atividades da Auditoria Interna (PAINT), que conterá a programação dos trabalhos da unidade de auditoria interna para um determinado exercício (ano civil). O PAINT é encaminhado a Controladoria Regional da União para devida manifestação e posteriormente ao Conselho Universitário – CONSUNI, para aprovação. Os procedimentos de auditoria adotados pela AUDINT serão similares aos da Controladoria-Geral da União e Tribunal de Contas da União, obedecidos os limites impostos por lei.
Da execução do PAINT serão gerados relatórios que serão encaminhados ao Reitor para conhecimento e providências, e, posteriormente, a Controladoria Regional da União no Estado do Rio Grande do Norte.